继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：泰勒·席林 娜塔莎·雷昂 乌佐·阿杜巴 丹妮尔·布鲁克斯 杰基·克鲁兹 丽亚·德拉利亚 迈克尔·哈尔尼 塞勒妮丝·雷瓦 塔恩·曼宁 艾德丽安·C·摩尔 杰西卡·皮蒙特尔 达丝莎·坡兰科 伊丽莎白·罗德里格斯 尼克·桑多 雅艾尔·斯通 凯特·穆格鲁 劳拉·普莱潘 艾米莉·奥尔索斯 布莱尔·布朗
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演员：米歇尔·威廉姆斯 珍妮·斯蕾特 罗伯·德兰尼 杰伊·杜普拉斯 Tony Macht 扎克·罗比达斯 Tate Kenney Eric Scott Ways Sung Yoon Julian Joseph 安娜贝尔·图米 尼基·博耶 张欣迪 朱利安·亚奥·焦耶洛 Drew Fonteiro James Cribbins Gene Thomas 马修·萨尔迪瓦 茜茜·斯派塞克 大卫·拉斯彻
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演员：泰勒·克奇 贝蒂·吉尔平 托卡拉·克利福德 Derek Hinkey 亚历克斯·芬恩 Nanabah Grace Jeremy Gauna Kip Weeks Kaius Eteeyan Bodhi Rader 多米尼克·博加特 米坎德鲁 Chris Martin 凯文·斯科特·艾伦 Oliver Stafford Brannon Cross Lily Smith 奥利维亚 泰勒 Marco Fuller Chloe Lysenko Jenny Marie Mitchell
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